Arah Kebijakan pengawasan Inspektorat Jenderal tahun 2011 adalah :

1. Meningkatkan peran dan fungsi pengawasan internal guna mendorong tercapainya peningkatan kinerja instansi di lingkungan Kementerian Perhubungan guna terselenggaranya pelayanan transportasi yang selamat, aman, cepat, lancar, tertib, teratur, efisien dan efektif.
2. Mengoptimalkan hasil pengawasan menuju Pemerintahan yang baik (good governance) serta mewujudkan quality assurance di lingkungan Kementerian Perhubungan melalui Reformasi Birokrasi.

Program pengawasan Inspektorat Jenderal Tahun 2011 meliputi :

1. Audit

• Audit Kinerja
• Audit Dengan Tujuan Tertentu 
  1. Audit Pra Kontrak (PreAward Audit) untuk kegiatan dengan nilai kontrak di atas Rp. 100 milyar dan bersifat strategis
  2. Audit Pengadaan Barang dan Jasa.
  3. Audit Perencanaan dan Manfaat : Evaluasi Hasil Pembangunan Pelabuhan Laut, Restricted Area bandara di wilayah Papua, kesiapan pengoperasian Automatic Dependent Surveillance Broadcast (ADBS), perencanaan dan pelaksanaan subsidi angkutan penyeberangan perintis.
  4. Audit Pelayanan Publik : pelaksanaan pelayanan PSO angkutan laut penumpang kelas ekonomi yang dilaksanakan oleh PT. PELNI, penyelenggaraan Diklat up grading dan khusus tenaga pelaut, pelaksanaan pelayanan PSO angkutan penumpang KA kelas ekonomi yang dilaksanakan PT. KAI.
  5. Audit Dengan Tujuan Tertentu Lainnya.

      2.  Reviu

• Itjen melakukan reviu Laporan Keuangan Kemenhub sebelum disampaikan kepada Menteri Keuangan dan Ketua BPK-RI.
• Reviu dilakukan setiap triwulan. Pada TA 2011 akan dilakukan reviu Laporan Keuangan Unit Akuntansi yang berada di provinsi NAD, Lampung, Sumut, Sumbar, Sumsel, Jambi, Bangka Belitung, Kepri, Kalsel, NTT, Sulut, Sulteng, Maluku, Papua dan Papua Barat.

      3.  Evaluasi

• Evaluasi LAKIP Eselon I di Lingkungan Kementerian Perhubungan.
• Evaluasi Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) di lingkungan Kementerian Perhubungan.

      4.  Pemantauan

• Pemantauan data Tindak Lanjut Hasil Pengawasan BPK-RI yang dilaksanakan oleh BPK-RI bersama dengan Inspektorat Jenderal dan Unit Kerja Terkait di lingkungan Kementerian Perhubungan;
• Pemantauan data Tindak Lanjut Hasil pengawasan BPKP yang dilaksanakan oleh BPKP Pusat dan BPKP Perwakilan bersama dengan Inspektorat Jenderal dan Unit Kerja terkait di lingkungan Kementerian Perhubungan;
• Pemantauan pelaksanaan Tindak Lanjut hasil audit Inspektorat Jenderal Kementerian Perhubungan;
  

      5.  Kegiatan Pengawasan lainnya

• Penyusunan Rencana Kerja dan Anggaran Inspektorat Jenderal Tahun 2012, dengan melibatkan seluruh Unit Kerja di lingkungan Inspektorat Jenderal yang dikoordinasikan oleh Sekretaris Inspektorat Jenderal c.q. Bagian Perencanaan.
• Penyelenggaraan Pra Rapat Dinas dan Rapat Dinas, untuk mengetahui pencapaian kinerja, mengevaluasi program dan kegiatan serta memberikan solusi atas kendala dan hambatan dalam pelaksanaan tugas dan fungsi Inspektorat Jenderal.
• Koordinasi pengawasan dengan BPK-RI, BPKP, Kementerian Negara Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi, Inspektorat Jenderal Kementerian dalam Negeri, dan Inspektorat Provinsi dan Kabupaten/Kota, serta Dinas Perhubungan Provinsi.
• Penyelenggaraan Bimbingan Teknis Audit Sektor Perhubungan di provinsi D.I Yogyakarta, Sulawesi Tenggara, Jambi, Sulawesi Tengah dan Kepulauan Riau.
• Monitoring penyelenggaraan Angkutan Lebaran 1432 H, Angkutan Haji 1432 H, Angkutan Haji 2011 dan Tahun Baru 2012.
• Seminar dan Sosialisasi Pengawasan, dilaksanakan sesuai kebutuhan.
• Peningkatan dan Pengembangan SDM, dilakukan melalui :

1. Mengikutsertakan para pegawai pada seminar, workshop, diklat dan kursus baik di dalam maupun luar negeri.
2. Pelatihan di Kantor Sendiri (PKS).     

• Pendidikan dan Pelatihan, meliputi :

1. Diklat Lalu Lintas dan Angkutan Jalan;
2. Diklat Kepelautan.
3. Diklat Audit Kinerja.
4. Diklat LAKIP.

• Pembinaan Administrasi Pengelolaan Kepegawaian melalui pembentukan Tim Penilaian Angka Kredit Jabatan Fungsional Auditor (JFA)dan Tim Penguji Karya Tulis Ilmiah.
• Penerbitan Jurnal transparansi.
• Implementasi Undang Undang Nomor 28 Tahun 1999 tentang Penyelenggaraan Negara yang Bersih dan Bebas dari KKN melalui kegiatan :

1. Pembentukan Kelompok Kerja Koordinasi, Monitoring dan Evaluasi Aksi Pencegahan Korupsi, Kolusi dan Nepotisme (Pokja Kormonev AP-KKN)yang beranggotakan seluruh unit kerja Eselon I di lingkungan Kementerian Perhubungan. Sebagai Koordinator kegiatan Kormonev AP-KKN adalah Inspektur III;
2. Pembentukan Kelompok Kerja Aksi Pencegahan Korupsi, Kolusi dan Nepotisme (Pokja AP-KKN) di lingkungan Inspektorat Jenderal. Sebagai Koordinator kegiatan AP-KKN adalah Inspektur V.

• Pengelolaan Sistem Akuntansi Pemerintah (SAP), yang meliputi :

1. Pelaksanaan kegiatan administrasi atas kegiatan yang menyebabkan terjadinya pengeluaran anggaran Inspektorat Jenderal;
2. Monitoring SPM, SP2D, dan dokumen-dokumen lain terhadap butir 1. diatas yang dibutuhkan dalam penyajian laporan keuangan berdasarkan Sistem Akuntansi Instansi (SAI);
3. Penginputan data dalam SAI;
4. Melaksanakan rekonsiliasi dengan KPPN;
5. Menyusun Laporan Keuangan Inspektorat Jenderal.

• Kearsipan, yang mencakup :

1. Penataan, penyimpanan, pengiriman, dan penghapusan arsip serta pengelolaan tata naskah;
2. Peningkatan SDM pengelola arsip, melalui sosialisasi SAP, seminar dan studi banding ke instansi lain.

• Monitoring pelaksanaan perjalanan dinas, yang merupakan kegiatan pemantauan terhadap Surat Perintah Tugas Perjalanan Dinas agar tidak terjadi tumpang tindih dalam pelaksanaan perjalanan dinas pegawai di lingkungan Inspektorat Jenderal.